La prima manipolazione del cacao, fermentazione ed essiccazione, avviene nei paesi di origine, principalmente Africa e Sud America, dove le norme igienico sanitarie sono poco conosciute e scarsamente seguite. Alle aziende dolciarie arrivano le fave di cacao essiccate, pronte per essere trasformate in massa di cacao, cioccolato, polvere e burro di cacao.
La carica batterica è sempre molto elevata e non può essere eliminata con la sola torrefazione tradizionale per riscaldamento con aria calda. Vi sono alcuni batteri, chiamati termoresistenti, che superano indenni il processo di tostatura in ambiente secco anche a temperature piuttosto alte. Ne consegue che i prodotti finiti risultano fortemente inquinati.